医院污水的水质特点是含有大量的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院污水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。医院污水还含有消毒剂、药剂、试剂等多种化学物质。利用放射性同位素医疗手段的医院的污水还含有放射性物质。医院污水的水量与医院的性质、规模及所在地区的气候等因素有关，按每张病床计一般为每天200～1000升。
医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。
医院综合污水首先通过格栅大的漂浮物、悬浮物被格栅拦截，格栅需定期清理，格栅有手动与自动两种可供用户选择。污水从格栅池流出后进入调节池，调节池起到削减高峰、均化水质的作用。在调节池中安装一台潜污泵和一台高密封性液位控制器，以及一台潜水曝气机。当池中水位达到高水位时，水泵自动开始工作，池中污水到达低水位时，系统自动停止运行。潜水曝气机工作由微电脑时间控制器进行控制，定时自动起动对水质进行预处理。污水从调节池中进入一段生物接触氧化池后曝气系统开始启动，对污水进行生物处理，池中设有悬浮填料可提高处理效率，处理后的污水自流入段生物接触氧化池中进一步处理。处理后的污水自流入沉淀池中，池中设有斜板填料，可加速泥水会离。分离后的清水自流入接触消毒池中，在进口上自动投入适量的二氧化氯消毒剂，消毒剂与污水接触一小时后，进入脱氯池，在进口上自动加入脱氯剂，在池中进行脱氯处理然后排放，为了***生化池中菌类的活性，曝气机的控制采用双回路控制，当污水站流入污水时自动起动工作；当污水站没有污水流入时，由微电脑时间控制器控制定时工作。
此装置一般埋设于地表之下，运用二次生物接触氧化处理工艺，它处理的效果超越全混合生物氧化池，对水质的适应性强度高，***了水处理的稳定性。该设备在池中采用了新型***弹性立体填料，对污水中的有机物质具有***去除的功能。该设备通过氧化处理之后，产生的污泥量较少，仅需90天排放一次即可。为了避免放生病菌滋生、传播的现象发生，必须对水质进行深度消毒处理。目前应用较多的消毒工艺有：紫外线消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒。医院需根据污水水质特点及排放量进行选择。
